Setelah sebelumnya (28/11/23) dilakukan visitasi perubahan bentuk IDIA menjadi Universitas Al-Amien Prenduan oleh Tim dari Kementerian Agama RI dan dinyatakan memenuhi syarat, akhirnya tepat pada tanggal 12 Desember 2023, Pemerintah Indonesia, melalui SK Menteri Agama RI nomor 1125 tahun 2023, secara resmi menetapkan perubahan bentuk IDIA menjadi Universitas Al-Amien Prenduan atau yang dikenal dengan UNIA Prenduan.

Berdasar surat keputusan tersebut, UNIA Prenduan  diwajibkan untuk melaksanakan Sistem Penjaminan Mutu Internal yang hasilnya diajukan kepada BAN-PT untuk memperoleh akreditasi, dan melakukan pelaporan pelaporan sebulan setelah akhir semester kepada Direktur Jenderal Pendidikan Islam melalui EMIS dan PD Dikti.

Keluarnya surat keputusan ini menandakan babak baru dalam pengelolaan perguruan tinggi di lingkungan Pondok Pesantren Al-Amien Prenduan yang berawal dari keinginan Pimpinan Pondok pada tahun 1980 untuk mendirikan pesantren tinggi sebagai kelanjutan dari Tarbiyatul Mu’allimien Al-Islamiyah (TMI) tersebut.

Untuk mewujudkan hal tersebut, pada 1983 didirikanlah Pesantren Tinggil Ilmu Kemasyarakatan (PTIK), kemudian berubah menjadi Pesantren Tinggi Al-Amien (PTA) yang diresmikan oleh Menteri Agama RI, H. Munawwir Syadzali, MA. pada 11 September 1983 / 04 Dz. Hijjah 1403.

Pada tahun 1985 PTA berubah menjadi Sekolah Tinggi Ilmu Dakwah (STIDA). STIDA melakukan wisuda perdana pada 29 Januari 1992/25 Rajab 1412, dengan 43 wisudawan. STIDA berubah menjadi Sekolah Tinggi Agama Islam (STAI) Al-Amien Prenduan pada 16 Mei 1996, dengan membuka dua program studi/jurusan: Bimbingan dan Penyuluhan Islam/BPI (Dakwah), dan Pendidikan Agama Islam/PAI (Tarbiyah). Kemudian tahun 2002 Dirjen Binbaga Islam Departemen Agama RI. mengeluarkan surat keputusan No.: Dj.II/144/2002 tentang alihstatus STAI menjadi Institut Dirosat Islamiyah Al-Amien Prenduan Sumenep (IDIA).

Pada tahun 2023, tepatnya pada 12 Desember 2023, berdasarkan SK Menteri Agama RI nomor 1125 tahun 2023, resmi berubah bentuk dari institut menjadi Universitas Al-Amien Prenduan.

Sebagai informasi, Secara institusional UNIA Prenduan, berdasar akreditasi IDIA, terakreditasi oleh Badan Akreditasi  Nasional Perguruan Tinggi (BAN-PT) dengan No. 646/SK/BAN-PT/Ak-PPJ/PT/VII/2021, berlaku tanggal 15 Juli 2021 sampai dengan 15 Juli 2026, dan terkonversi menjadi Baik berdasar SK BAN-PT No. 899/SK/BAN-PT/Ak.KP/PT/IX/2022, tertanggal 20 September 2022.