Universitas Al-Amien Prenduan (UNIA Prenduan) merupakan perguruan tinggi di lingkungan Pondok Pesantren Al-Amien Prenduan yang berawal dari keinginan Pimpinan Pondok pada tahun 1980 untuk mendirikan pesantren tinggi sebagai kelanjutan dari Tarbiyatul Mu’allimien Al-Islamiyah (TMI), maka pada 1983 didirikanlah Pesantren Tinggil Ilmu Kemasyarakatan (PTIK), kemudian berubah menjadi Pesantren Tinggi Al-Amien (PTA) yang diresmikan oleh Menteri Agama RI, H. Munawwir Syadzali, MA. pada 11 September 1983 / 04 Dz. Hijjah 1403.

Pada tahun 1985 PTA berubah menjadi Sekolah Tinggi Ilmu Dakwah (STIDA). STIDA melakukan wisuda perdana pada 29 Januari 1992/25 Rajab 1412, dengan 43 wisudawan. STIDA berubah menjadi Sekolah Tinggi Agama Islam (STAI) Al-Amien Prenduan pada 16 Mei 1996, dengan membuka dua program studi/jurusan: Bimbingan dan Penyuluhan Islam/BPI (Dakwah), dan Pendidikan Agama Islam/PAI (Tarbiyah). Kemudian tahun 2002 Dirjen Binbaga Islam Departemen Agama RI. mengeluarkan surat keputusan No.: Dj.II/144/2002 tentang alihstatus STAI menjadi Institut Dirosat Islamiyah Al-Amien Prenduan Sumenep (IDIA).

Pada tahun 2023, tepatnya pada 12 Desember 2023, berdasarkan SK Menteri Agama RI nomor 1125 tahun 2023, resmi berubah bentuk dari institut menjadi Universitas Al-Amien Prenduan atau yang dikenal dengan UNIA PRENDUAN.

Secara institusional UNIA Prenduan, berdasar akreditasi IDIA. terakreditasi oleh Badan Akreditasi  Nasional Perguruan Tinggi (BAN-PT) dengan No. 646/SK/BAN-PT/Ak-PPJ/PT/VII/2021, berlaku tanggal 15 Juli 2021 sampai dengan 15 Juli 2026, dan terkonversi menjadi Baik berdasar SK BAN-PT No. 899/SK/BAN-PT/Ak.KP/PT/IX/2022, tertanggal 20 September 2022.

Saat ini, 2024, Universitas Al-Amien Prenduan mengelola sembilan program studi dengan tiga fakultas dan satu program pascasarjana, yakni; (1) Bimbingan dan Penyuluhan Islam (BPI), (2) Komunikasi dan Penyiaran Islam (KPI) (3) Ilmu Al-Qur’an dan Tafsir (IQT), (4) Aqidah dan Filsafat Islam (AFI) di Fakultas Dakwah dan Ushuluddin, (5) Pendidikan Agama Islam (PAI), (6) Pendidikan Bahasa Arab (PBA) di Fakultas Tarbiyah, (7). Perbankan Syari’ah (PBS), (8) Ekonomi Syari’ah di Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam (FEBI), (9) Magister Pendidikan Agama Islam (S2-PAI) di Program Pascasarjana.